La flora y fauna de un cenote es tan única como los cenotes mismos, ya que en ellos se encuentran plantas y especies únicas. Rodeados de selva y un calor abrazador, los cenotes aparecen como un oasis para cualquier ser vivo. La caverna por donde fluye el río subterráneo ofrece un hábitat seguro y el agua dulce es cristalina, ideal para que la vida prospere.
Los peces que más abundan son los guppy y los bagres, que se especula que llegaron del mar con los huracanes. Endémicos son los peces ciegos “Dama Blanca Ciega” y “Anguila Ciega Yucateca” que viven en el fondo y ambas especies están en peligro de extinción. Otros habitantes de los cenotes son tortugas, iguanas, ranas, murciélagos y mariposas. Además, en las paredes de los cenotes, anidan golondrinas y el hermoso pájaro Toh, conocido popularmente como “ave de los cenotes”.
En cuanto a la flora, si se encuentra frente a una ceiba lo más probable es que esté sobre una corriente de agua subterránea o un cenote. Tan es así que los mayas consideran la ceiba como el eje central de su cosmogonía, conectando el inframundo con el mundo de los mortales y el cielo. También crecen cerca el chechén, que contiene una resina tóxica, y seguramente al lado hay un chacá, cuya resina es el antídoto.
